가명정보의 보관기간은 관련 법령에 따라 명확히 정해진 일반적인 기한은 없지만, 가명정보의 이용목적을 달성한 후에는 지체없이 파기해야 합니다.

가명정보의 보관기간의 기본 원칙은 가명정보의 이용목적 달성 후 지체없이 파기입니다. 따라서, 이용목적을 알 수 있는 과학적 연구계획서나 통계작성 계획서에 명시되어 있는 연구내용과 이용기간에 따라 가명정보의 보관기간을 설정하게 됩니다. 이러한 가명정보는 이용목적을 달성하거나 또는 이용기한이 도래한 경우 지체없이 파기하여야 합니다.

특히, 주기적 반복적 결합을 수행하는 경우, 가명정보의 이용이 1회성으로 이용하는것이 아니라 계속이용에 해당되는 경우에도 기준과 원칙에 따라 명확하고 합리적으로 설정해야 합니다.

유럽의 경우, 가명정보의 장기 보관을 해야 하는 경우에는 추가정보에 대한 별도 분리보관, 접근권한의 최소화, 재식별 위험성에 대한 정기평가, 사용이력기록과 관리의 조치를 병행하도록 권장하고 있습니다.

가명정보 활용 컨설팅은 대부분 1회 결합을 진행하는 경우가 대부분이어서 가명정보의 이용기간이 길어도 1년이내로 설정하는 경우가 많습니다. 그러나, 보건의료 분야의 가명결합은 가명정보의 이용 및 분석하는 연구 기간을 길게 설정하는 경우가 종종 있습니다. 환자에 대한 추적관리를 해야 하므로 이용기간을 30년으로 설정하는 사례도 있습니다. 또한, 주기적 반복적 결합을 통해 국가정책을 만드는 경우는 해당 정책이 유지되는 동안 계속하게 되어 이용기간을 설정하기 어려운경우가 있습니다. 이러한 경우에도 정책에 대한 분석을 위해 10년이상 설정하여 장기분석을 하는 사례도 있습니다.

가명정보도 개인정보로 가명정보에 대한 관리적 물리적 기술적 보호조치가 안전한지 , 정기적인 점검을 통해 가명정보 활용을 하면서 재식별이 되는 경우 연구목적을 달성하지 못하였거나, 이용기한이 도래하지 않았다 하더라도 그 즉시 파기하여야 합니다. 만일 가명정보를 이용하는 이용자가 데이터를 분석하는 과정에서 재식별이 되는 위험이 발견되었지만 파기하지 않은 경우 법적책임을 져야 할 수 있습니다. 이 경우 데이터 제공기관은 정당한 절차를 거쳐 제공되었다면 이용자에게 가명정보의 관리 책임이 있다는것을 잊지 말아야 합니다.

주기적 반복적 결합의 경우 보관기간을 길게 설정하는 경우가 종종 있습니다.

이 경우 이용자는 주기적인 점검을 통해 재식별 위험이 없다는것을

점검하고 관리대장 등 작성하며, 최소접근권한을 부여하여야 합니다.